由于林正的卓越功绩，皇帝朱由检决定对他升官加爵。林正被擢升为内阁首辅，林正升任内阁首辅后，深知瑞王虽已被流放，但其残余势力仍如暗潮涌动，若不彻底肃清，必将成为朝廷的心腹大患。
经过一番深入细致的调查，林正逐渐摸清了瑞王残余势力的分布和核心人物。其中，最为棘手的当属瑞王曾经的谋士吴庸。此人头脑精明、诡计多端，在瑞王得势时为其出谋划策，做下了不少恶事。如今瑞王倒台，吴庸却并未受到牵连，他隐匿于市井之中，表面上低调行事，实则暗中联络瑞王的旧部，企图等待时机东山再起。
还有瑞王的亲信将领赵猛，此人手握部分兵权，驻守在边疆。他向来对瑞王忠心耿耿，自瑞王被流放后，便心怀不满，在边疆蠢蠢欲动。他暗中扩充军备，与一些边境的不法势力勾结，妄图拥兵自重，对朝廷构成了直接的军事威胁。
以及瑞王府的管家钱福，他在瑞王府多年，积累了巨额财富。瑞王倒台后，他利用这些财富大肆收买官员，编织关系网，妄图通过这些被收买的官员为瑞王翻案，恢复瑞王的地位。
林正深知这些人的危险性，决定先从吴庸入手。他精心挑选了一批精明能干、行事谨慎的手下，让他们分散在吴庸可能出现的地方，日夜监视其一举一动。
在京城的一条偏僻小巷里，有一座看似普通的宅院。这便是吴庸的藏身之所。每天清晨，吴庸都会乔装打扮出门，与不同的人在茶馆、酒楼等地秘密会面。林正的手下小心翼翼地跟踪着他，不敢有丝毫大意。
终于，在一个阴霾密布的日子，吴庸召集了瑞王的一批旧部，在京城郊外的一座废弃庄园里秘密聚会。林正得到消息后，当机立断，带领大批官兵迅速包围了庄园。
当林正带人冲进庄园时，吴庸等人正围坐在一起，商讨着下一步的计划。
“你们已经被包围了，速速投降！” 林正大声喝道。
吴庸先是一惊，但很快就恢复了镇定，他冷笑道：“林正，你别得意太早，今日就算被你抓住，也休想从我口中得到任何有用的信息。”
林正目光冷峻，“吴庸，你犯下的罪行天理难容，如今还不知悔改，妄想负隅顽抗。”
面对林正的审讯，吴庸起初还巧言令色，试图为自己开脱。他编造各种谎言，将自己的行为说成是对瑞王的忠诚，声称所做的一切都是为了朝廷的稳定。
但林正凭借着多年的为官经验和敏锐的洞察力，识破了他的谎言。林正不紧不慢地拿出一份份证据，摆在吴庸面前。
“这些都是你的罪证，你以为能瞒天过海？” 林正严厉地说道。
吴庸的脸色逐渐变得苍白，额头上冒出了冷汗。
在林正的步步紧逼下，吴庸的心理防线终于崩溃，他开始交代瑞王残余势力的更多阴谋。原来，他们计划在朝廷举行重大庆典时发动暴乱，趁乱夺权。
接着，林正将矛头指向了赵猛。他深知赵猛手握兵权，若处理不当，可能会引发边境战乱。于是，他先向皇帝朱由检详细奏明了赵猛的不轨之心和潜在威胁，请求皇帝增派援兵。
朱由检对林正的奏报高度重视，立即调拨了精锐部队给林正指挥。
林正一方面整顿兵马，准备出征；另一方面，派遣能言善辩的使者前往边疆，试图说服赵猛手下的将领。
在边疆的营帐中，使者向将领们晓之以理，动之以情。
“赵猛的行为是叛逆之举，若你们继续跟随他，必将成为千古罪人。朝廷念你们是受蒙蔽，只要你们回头，过往一概不究。” 使者说道。
部分将领开始动摇，他们深知叛乱的后果不堪设想。在林正的恩威并施下，一些将领决定不再听从赵猛的指挥，纷纷向林正投诚。
最终，赵猛在孤立无援的情况下，被林正率领的大军击败。林正亲自冲进敌阵，生擒了赵猛。
“赵猛，你执迷不悟，落得如此下场，皆是咎由自取。” 林正怒喝道。
赵猛垂头丧气，再也没有了往日的威风。
对于钱福，林正则采取了迂回的策略。他暗中调查那些被钱福收买的官员，收集他们的犯罪证据。这些官员平日里贪污受贿、徇私枉法，林正通过细致的查访，掌握了确凿的证据。
在一个朝会的日子，林正当着皇帝和满朝文武的面，将这些证据一一呈出。那些被收买的官员顿时吓得面如土色，纷纷跪地求饶。
林正毫不留情，下令将他们一一法办。失去了依靠的钱福，如同丧家之犬，四处躲藏。但林正布下了天罗地网，很快也将钱福捉拿归案。
在肃清瑞王残余势力的过程中，林正遭遇了诸多阻碍和危险。有人试图暗杀他，有人散布谣言诋毁他，但他始终坚定不移，毫不退缩。
有一次，林正在回家的途中，遭遇了刺客的袭击。刺客们隐藏在暗处，突然发动攻击。林正的护卫们奋勇抵抗，但刺客们武艺高强，一时间局面十分危急。
林正临危不惧，亲自拔剑与刺客搏斗。在激烈的战斗中，林正的手臂受伤，但他依然顽强抵抗，最终击退了刺客。
还有一次，有人在京城散布谣言，说林正是为