葛城美里第一个意识到自己真正的仇人可能并不是使徒，或者说不只是使徒人类之中，有着害死他父亲的更主要的凶手。除此之外就是，其他的指挥人员也陆陆续续的认识到了事情的不对。
而就如同他们猜想中的那样，当亚当和莉莉丝的身份彻底揭露出来之后，后续的发展已经超出了他们曾经的认知。
人类补完计划被揭露了出来。而那种全人类融合在一起的结局是绝大多数人都无法接受的。nerv的大量成员对于这个计划都表现出来了极大的反对。
而他们作为seele执行自己的命令的最重要的工具。此时却要出现反叛了。
这对于这个隐藏在幕后的组织来说将是重大的打击。
而与此同时，seele内部也出现了更大的混乱，并不是因为自己的计划暴露了出来。而是因为他们之前的决策。
“主神已经注意到了我们，而它根本不会在意我们的请求，他只会把我们这里当做战场，起初的轮回小队我们还可以通过某些手段影响主神给他们的任务的倾向性，但接下来的这些不是我们所能掌控的了。”一座石碑发出了这样的声音，声音中似乎带着无奈。
“你的意思是？主神开启了团战。”另一块石碑声音之中也难得有了情绪波动，只可惜这情绪波动之中透露出来的是恐惧。
“是我们把他招来的，而他到来之后会做些什么就不是我们完全能够掌控的了，现在已经彻底脱离了控制，之前检测到了五级威胁信号，这是最高等级的威胁信号，意味着主神将我们的世界作为了团战的战场。
而且普通的团战带来的危机信号，最多只可能是三级，就算是最终之战那种程度的战场，恐怕也只是四级威胁，五级是足以对整个宇宙产生毁灭性打击的威胁等级，我也不知道为什么会出现这种情况。”
在面对一个完全不可控的存在时，这些冰冷的石碑终于表现出来了人性的一面，只不过在这人性的一面中，绝大多数都是畏惧。
“我们的世界的命运已经变得无法揣测，现在我们所能做的只有听天由命，真是讽刺掌握了上千次轮回的我们，最终却要被轮回者决定命运。”
……
对他们来说nerv的反叛似乎已经不是什么值得一提的事情了，因为整个世界的命运即将全都不在他们的手中，虽然只是了解到了真正的世界，真正的多元宇宙的一鳞半爪，但对于主神空间究竟有多么强大，这些seele成员大概是这个世界上除蓝诺最清楚的一个。
nerv总部，在得知了死海文书的内容和人类补完计划的真相之后，蓝诺也把一直关在光学迷彩里的指挥官们放了出去，接下来就该由他们来决定该如何应对这个疯狂的计划了。
葛城美里果断的选择了转过来对抗seele，其余的绝大多数成员也都赞同。
这里面肯定会有seele的间谍存在，但内部有彼此之间的间谍这种事情，作为大组织，早就已经熟悉无比，因此即便清楚知道这一点还是果断选择了反叛，碇真嗣在全程确认了总部内部的众人的表决之后，为了展现自己的诚意，也第一次从初号机上下来了。并且将初号机交给nerv检修。
这一次不再会有人给他戴上手铐，他成为了如今的人类起义军中的领袖人物，将是为了对抗人类补完计划的主力。
蓝诺观察着这一切的发展，却不由得产生了一种没来由的危机感，他感觉似乎有什么相当不妙的事情要发生了，而一旦这一切发生的话，后果将是灾难性的，整个世界或许都会陷入危机之中。
主神已经盯上了这个世界，理性的做法是尽快从这个世界上撤退。但莫名的蓝诺们有一种感觉，如果从这里撤退的话，他们将会错过一些极为重要的东西，如果现在撤退的话，未来可能会留下一辈子也无法弥补的遗憾，并不是对这个世界的人类的遗憾，蓝诺们已经帮了这个世界太多，对这里的人类没有任何亏欠。
但他们就是不知道为什么，一种直觉告诉他们离开这里他们绝对会后悔。
在这种直觉的驱使之下，只有部分人暂时撤离，其余人继续坚守在这个世界，准备观察变化的发生。并且将这部分变化记录下来。
而对整个世界进行严密监控的他们，很快就观测到有新的轮回小队降临。
依旧是熟悉的光罩，透过这一层朦胧的半透明光幕，只能看到里面的人的动作却听不到他们的声音，而这一次在里面出现的，是一个俊美但却邪异的男子，他几乎是出现的同时就已经清醒过来，从这个速度来看，是基因锁解开的程度极高的体现。
而在他的身边躺着的全都是第一次进入主神空间的新人，他们全都是五花八门的装束，可以看得出是从世界各地临时招募出来，不然的话也不会穿什么样的人都有。
显然这是一个新人阵亡率极高的团队，即便拥有一个强大的队长，依旧没有什么新人能活下来。
出现这种情